最近、Eclipseを使っているのですが、文字エンコーディングをEUC-JPからUTF-8に変更したところ、コンソールへの標準出力は正常に行われるのに、標準入力が文字化けするようになってしまいました。

ぐぐったところ、eclipse.iniに-Dfile.encoding=UTF-8という行を追加すれば解消するようでした。

Mac OS Xの場合、eclipse.iniは/Applications/eclipse/Eclipse.app/Contents/MacOS/eclipse.iniにあります。

コマンドライン引数が文字化けする場合も、同様に対処できるようです。

Macのeclipseでコマンドライン引数が文字化け